No Plenário final do Encontro das Partes (países que fazem parte do Protocolo de Quioto), a Presidente da COP16, Patricia Espinosa começou por ouvir a posição contrária da Bolívia à adopção dos documentos, nomeadamente dos grupos de trabalho ad hoc do Protocolo de Quioto e das acções de cooperação de longo prazo. A Bolívia já tinha precisamente expresso este oposição anteriormente no plenário informal e em cada um dos grupos de trabalho. Os argumentos da Bolívia foram o facto de nos textos finais não estar assegurada a continuação de um segundo período de compromisso do Protocolo de Quioto, não estarem estabelecidas datas nem percentagens de redução de emissões, e se caminhar para um sistema não vinculativo que resultará num aumento de temperatura de 4º C.

A Presidente da COP16, acabou por considerar que as decisões tinham sido adoptadas e que se tomaria nota da posição da Bolívia. Disse aliás, sob forte aplauso, que se estava a entrar “numa nova era de cooperação sobre alterações climáticas e estes documentos se chamarão os Acordos de Cancún”. A Bolívia reiterou que o que se passou na Conferência foi um atentado às regras das Nações Unidas sobre a e se trata de um atropelo e vai recorrer a todas as instâncias internacionais por se estar a ultrapassar a regra do consenso, que exige que todos os países estejam de acordo e meramente se tome nota e não se adoptem os documentos em jogo. A Presidente da COP afirmou que consenso não significa unanimidade e que não é aceitável também o direito de veto de uma delegação que possa impor a sua vontade a todas as outras delegações.

A troca de argumentos entre a Presidente da COP e a Bolívia no Plenário do Encontro das Partes voltou a repetir-se na Conferência das Partes (com todos os países da Convenção). Os Estados Unidos  interveio afirmando que o argumento principal para a aprovação ou adopção era a forma como na Conferência das Partes se tem tomado habitualmente as decisões. A Bolívia considerou que em várias áreas muitas das suas propostas foram sistematicamente recusadas como a ideia de fazer um seminário sobre propriedade intelectual na área da transferência de tecnologia, e portanto o processo não foi democrático nem aberto como se defende.

A Presidente da COP16 considerou a decisão aprovada sobre inúmeros aplausos. Por último abriu uma reunião conjunta final da Conferência e do Encontro das Partes para ouvir intervenções finais.